MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Synechococcus sp. PCC 6312 plasmid pSYN6312.01

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019681	A	6	6	23	28	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019681	AAACGG	2	12	125	136	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	427714746
3	NC_019681	ATTG	2	8	178	185	25 %	50 %	25 %	0 %	427714746
4	NC_019681	AG	3	6	257	262	50 %	0 %	50 %	0 %	427714746
5	NC_019681	AAG	2	6	272	277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714746
6	NC_019681	TGT	2	6	283	288	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714746
7	NC_019681	GAT	2	6	344	349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714746
8	NC_019681	CTGTTC	2	12	372	383	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	427714746
9	NC_019681	TCAA	2	8	400	407	50 %	25 %	0 %	25 %	427714746
10	NC_019681	ATC	2	6	486	491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714746
11	NC_019681	A	7	7	492	498	100 %	0 %	0 %	0 %	427714746
12	NC_019681	ATTT	2	8	687	694	25 %	75 %	0 %	0 %	427714747
13	NC_019681	AAG	2	6	766	771	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714747
14	NC_019681	ATT	2	6	794	799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714747
15	NC_019681	A	6	6	1036	1041	100 %	0 %	0 %	0 %	427714747
16	NC_019681	GCA	2	6	1074	1079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714747
17	NC_019681	AG	3	6	1086	1091	50 %	0 %	50 %	0 %	427714747
18	NC_019681	GCA	2	6	1173	1178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714747
19	NC_019681	TCA	2	6	1204	1209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714747
20	NC_019681	TAAAAA	2	12	1270	1281	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	427714748
21	NC_019681	GAA	3	9	1308	1316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
22	NC_019681	CTG	2	6	1344	1349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714748
23	NC_019681	GGA	2	6	1359	1364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714748
24	NC_019681	TAG	2	6	1412	1417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714748
25	NC_019681	AGA	3	9	1493	1501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
26	NC_019681	GAA	2	6	1531	1536	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
27	NC_019681	TAA	2	6	1559	1564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714748
28	NC_019681	AATT	2	8	1601	1608	50 %	50 %	0 %	0 %	427714748
29	NC_019681	AGA	2	6	1619	1624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714748
30	NC_019681	GTT	2	6	1628	1633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714748
31	NC_019681	ATCA	2	8	1659	1666	50 %	25 %	0 %	25 %	427714748
32	NC_019681	ATG	2	6	1717	1722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714748
33	NC_019681	A	6	6	1727	1732	100 %	0 %	0 %	0 %	427714748
34	NC_019681	ATTTTA	2	12	1738	1749	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019681	CAAC	2	8	1965	1972	50 %	0 %	0 %	50 %	427714749
36	NC_019681	CTTT	2	8	1975	1982	0 %	75 %	0 %	25 %	427714749
37	NC_019681	ACC	2	6	1991	1996	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714749
38	NC_019681	ATT	2	6	2048	2053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714749
39	NC_019681	GT	3	6	2080	2085	0 %	50 %	50 %	0 %	427714749
40	NC_019681	TGGA	2	8	2089	2096	25 %	25 %	50 %	0 %	427714749
41	NC_019681	CAGT	2	8	2353	2360	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_019681	GCT	2	6	2482	2487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714750
43	NC_019681	TTC	3	9	2493	2501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714750
44	NC_019681	GAC	2	6	2623	2628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714751
45	NC_019681	CAC	2	6	2631	2636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714751
46	NC_019681	GTT	2	6	2694	2699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714751
47	NC_019681	TCC	2	6	2732	2737	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714751
48	NC_019681	GAAA	2	8	2739	2746	75 %	0 %	25 %	0 %	427714751
49	NC_019681	CAG	2	6	2748	2753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714751
50	NC_019681	ACC	2	6	2841	2846	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_019681	TCAA	2	8	2869	2876	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_019681	CATCCC	2	12	2917	2928	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_019681	TCC	2	6	2973	2978	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714752
54	NC_019681	GGCCC	2	10	2981	2990	0 %	0 %	40 %	60 %	427714752
55	NC_019681	GCA	2	6	3058	3063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714752
56	NC_019681	AGG	2	6	3088	3093	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714752
57	NC_019681	ATTT	2	8	3262	3269	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019681	T	7	7	3387	3393	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019681	CTG	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714753
60	NC_019681	G	6	6	3506	3511	0 %	0 %	100 %	0 %	427714753
61	NC_019681	GAT	2	6	3522	3527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714753
62	NC_019681	CGGG	2	8	3585	3592	0 %	0 %	75 %	25 %	427714754
63	NC_019681	TGT	2	6	3606	3611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714754
64	NC_019681	CGG	2	6	3741	3746	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714754
65	NC_019681	CGAC	2	8	3807	3814	25 %	0 %	25 %	50 %	427714754
66	NC_019681	ATA	2	6	3818	3823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714754
67	NC_019681	GCC	2	6	3978	3983	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714754
68	NC_019681	TGAG	2	8	4084	4091	25 %	25 %	50 %	0 %	427714754
69	NC_019681	AAC	2	6	4163	4168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714754
70	NC_019681	TAC	2	6	4217	4222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
71	NC_019681	GCA	2	6	4267	4272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714754
72	NC_019681	GCA	2	6	4287	4292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714754
73	NC_019681	CAA	2	6	4357	4362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714754
74	NC_019681	TCAC	2	8	4395	4402	25 %	25 %	0 %	50 %	427714754
75	NC_019681	AGT	2	6	4490	4495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714754
76	NC_019681	CAT	2	6	4526	4531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
77	NC_019681	CCAG	2	8	4556	4563	25 %	0 %	25 %	50 %	427714754
78	NC_019681	CAC	2	6	4697	4702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714754
79	NC_019681	TTTC	2	8	4936	4943	0 %	75 %	0 %	25 %	427714754
80	NC_019681	TGC	2	6	4944	4949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714754
81	NC_019681	ATC	3	9	5036	5044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714754
82	NC_019681	CTG	2	6	5256	5261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714754
83	NC_019681	GTT	2	6	5270	5275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714754
84	NC_019681	GAT	2	6	5356	5361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019681	AC	3	6	5425	5430	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_019681	AGG	2	6	5464	5469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714755
87	NC_019681	TGC	2	6	5503	5508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714755
88	NC_019681	GCC	2	6	5513	5518	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714755
89	NC_019681	GCT	2	6	5537	5542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714755
90	NC_019681	CAAA	2	8	5544	5551	75 %	0 %	0 %	25 %	427714755
91	NC_019681	CAC	2	6	5556	5561	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714755
92	NC_019681	CTC	2	6	5637	5642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	427714755
93	NC_019681	CTG	2	6	5706	5711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019681	GTCA	2	8	5733	5740	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_019681	CAA	2	6	5874	5879	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714756
96	NC_019681	AGCC	2	8	5905	5912	25 %	0 %	25 %	50 %	427714756
97	NC_019681	CCG	2	6	5918	5923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714756
98	NC_019681	GTT	2	6	5972	5977	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714756
99	NC_019681	CAT	2	6	6000	6005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714756
100	NC_019681	G	6	6	6020	6025	0 %	0 %	100 %	0 %	427714756
101	NC_019681	AAT	2	6	6131	6136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714756
102	NC_019681	GCT	2	6	6143	6148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714756
103	NC_019681	AG	3	6	6233	6238	50 %	0 %	50 %	0 %	427714756
104	NC_019681	TGC	2	6	6256	6261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714756
105	NC_019681	CAT	2	6	6293	6298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714756
106	NC_019681	ATGAC	2	10	6332	6341	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019681	ATT	2	6	6389	6394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714757
108	NC_019681	CCGCAC	2	12	6476	6487	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	427714757
109	NC_019681	CCCA	2	8	6494	6501	25 %	0 %	0 %	75 %	427714757
110	NC_019681	GACCC	2	10	6518	6527	20 %	0 %	20 %	60 %	427714757
111	NC_019681	CAC	2	6	6539	6544	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714757
112	NC_019681	CAT	2	6	6761	6766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714757
113	NC_019681	CAC	2	6	6783	6788	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_019681	ATC	2	6	6828	6833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019681	AT	3	6	6938	6943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019681	TCT	2	6	6961	6966	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019681	GGCCA	2	10	6996	7005	20 %	0 %	40 %	40 %	427714758
118	NC_019681	GTT	2	6	7034	7039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714758
119	NC_019681	GTCT	2	8	7080	7087	0 %	50 %	25 %	25 %	427714758
120	NC_019681	GGA	2	6	7130	7135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714758
121	NC_019681	ATCC	2	8	7224	7231	25 %	25 %	0 %	50 %	427714758
122	NC_019681	TTG	2	6	7248	7253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714758
123	NC_019681	TC	3	6	7308	7313	0 %	50 %	0 %	50 %	427714758
124	NC_019681	GA	3	6	7340	7345	50 %	0 %	50 %	0 %	427714758
125	NC_019681	CGGG	2	8	7356	7363	0 %	0 %	75 %	25 %	427714758
126	NC_019681	TGG	2	6	7366	7371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427714758
127	NC_019681	AG	3	6	7418	7423	50 %	0 %	50 %	0 %	427714758
128	NC_019681	CGG	2	6	7591	7596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714759
129	NC_019681	AAC	2	6	7603	7608	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714759
130	NC_019681	ATC	2	6	7642	7647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714759
131	NC_019681	A	6	6	7650	7655	100 %	0 %	0 %	0 %	427714759
132	NC_019681	GCC	2	6	7776	7781	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714759
133	NC_019681	TGA	2	6	7853	7858	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714759
134	NC_019681	ACA	2	6	7894	7899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714759
135	NC_019681	CA	3	6	8134	8139	50 %	0 %	0 %	50 %	427714760
136	NC_019681	TGC	2	6	8214	8219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714760
137	NC_019681	TTA	2	6	8268	8273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714760
138	NC_019681	CTA	2	6	8375	8380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714760
139	NC_019681	GCA	2	6	8387	8392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714760
140	NC_019681	GATT	2	8	8394	8401	25 %	50 %	25 %	0 %	427714760
141	NC_019681	CGC	2	6	8425	8430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714760
142	NC_019681	TC	3	6	8437	8442	0 %	50 %	0 %	50 %	427714760
143	NC_019681	TTTC	2	8	8477	8484	0 %	75 %	0 %	25 %	427714760
144	NC_019681	CTGC	2	8	8487	8494	0 %	25 %	25 %	50 %	427714760
145	NC_019681	TG	3	6	8544	8549	0 %	50 %	50 %	0 %	427714760
146	NC_019681	CTT	2	6	8606	8611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019681	GGGA	2	8	8671	8678	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019681	CTA	2	6	8802	8807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_019681	GCA	2	6	8865	8870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_019681	GAATTA	2	12	8885	8896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019681	TGTC	2	8	8897	8904	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_019681	CTT	3	9	8954	8962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714761
153	NC_019681	CAA	2	6	8994	8999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	427714761
154	NC_019681	GTT	2	6	9072	9077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	427714761
155	NC_019681	TAT	2	6	9092	9097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
156	NC_019681	TAT	2	6	9155	9160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
157	NC_019681	AACT	2	8	9178	9185	50 %	25 %	0 %	25 %	427714761
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159	NC_019681	CAG	2	6	9208	9213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	427714761
160	NC_019681	A	6	6	9268	9273	100 %	0 %	0 %	0 %	427714761
161	NC_019681	CTTT	2	8	9296	9303	0 %	75 %	0 %	25 %	427714761
162	NC_019681	GA	3	6	9313	9318	50 %	0 %	50 %	0 %	427714761
163	NC_019681	TTA	2	6	9341	9346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	427714761
164	NC_019681	TTCT	2	8	9391	9398	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_019681	CTG	2	6	9434	9439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_019681	ATG	3	9	9441	9449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019681	AAT	2	6	9450	9455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_019681	TCG	2	6	9456	9461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_019681	CTT	2	6	9488	9493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_019681	G	7	7	9524	9530	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
171	NC_019681	GCG	2	6	9545	9550	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_019681	G	6	6	9564	9569	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
173	NC_019681	AGA	2	6	9780	9785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	427714762
174	NC_019681	CAT	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714763
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176	NC_019681	TGA	3	9	9909	9917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
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178	NC_019681	CGG	2	6	10005	10010	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714763
179	NC_019681	GGC	2	6	10048	10053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714763
180	NC_019681	GCATG	2	10	10078	10087	20 %	20 %	40 %	20 %	427714763
181	NC_019681	GAT	2	6	10159	10164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714763
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229	NC_019681	GCC	2	6	12300	12305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	427714764
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242	NC_019681	CAAT	2	8	13224	13231	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
243	NC_019681	ATA	2	6	13339	13344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	427714766
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397	NC_019681	GCG	2	6	22505	22510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	427714775
398	NC_019681	GGA	2	6	22549	22554	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	427714775
399	NC_019681	GGCCTG	2	12	22700	22711	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	427714776
400	NC_019681	TTTGT	2	10	22724	22733	0 %	80 %	20 %	0 %	427714776
401	NC_019681	TCT	2	6	22786	22791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714776
402	NC_019681	TTC	2	6	22796	22801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	427714776
403	NC_019681	GGT	2	6	22889	22894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	427714776
404	NC_019681	TGCT	2	8	22953	22960	0 %	50 %	25 %	25 %	427714777
405	NC_019681	ACC	2	6	23046	23051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	427714777
406	NC_019681	ATC	2	6	23058	23063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714777
407	NC_019681	ACT	2	6	23071	23076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	427714777
408	NC_019681	TGC	2	6	23077	23082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	427714777
409	NC_019681	ATG	2	6	23110	23115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	427714777
410	NC_019681	CCGTT	2	10	23127	23136	0 %	40 %	20 %	40 %	427714777
411	NC_019681	GTCC	2	8	23204	23211	0 %	25 %	25 %	50 %	427714777

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.